Le SBeMS exerce ses compétences conformément aux lois et règlements en vigueur. Sur les bassins versants mentionnés, à l'exclusion du fleuve domanial de la Sarthe, le SBeMS assume, par transfert, les missions relatives à la compétence GEMAPI (Gestion des Milieux Aquatiques et Prévention des Inondations), conformément à l'article L. 211-7 du Code de l'environnement :

Aménagement d’un bassin ou d’une fraction de sous-bassin hydrographique.

Entretien et aménagement des cours d'eau, canaux, lacs ou plans d'eau, y compris les accès.

Défense contre les inondations et contre la mer

Protection et restauration des sites, écosystèmes aquatiques, zones humides et formations boisées riveraines.